1．农业行政执法证件管理办法（1998年10月15日农业部令第1号公布）
2．农业部立法工作规定（2002年12月27日农业部令第25号公布）
3．农业行政许可听证程序规定（2004年6月28日农业部令第35号公布）
4．农业行政处罚程序规定（2021年12月21日农业农村部令2021年第4号公布）
5．农业农村部行政许可实施管理办法（2021年12月14日农业农村部令2021年第3号公布）
6．农业综合行政执法管理办法（2022年11月22日农业农村部令2022年第9号公布）
7．农村集体经济组织审计规定（1992年5月12日农业部令第11号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订）
8．农村土地承包经营纠纷仲裁规则（2009年12月29日农业部、林业局令2010年第1号公布）
9．农村土地承包仲裁委员会示范章程（2009年12月29日农业部、林业局令2010年第2号公布）
10．农村土地经营权流转管理办法（2021年1月26日农业农村部令2021年第1号公布）
11．农村土地承包合同管理办法（2023年2月17日农业农村部令2023年第1号公布）
12．农业部植物检疫员管理办法（试行）（1990年11月8日〔1990〕农（农）字第40号公布）
13．国外引种检疫审批管理办法（1993年11月10日〔1993〕农（农）字第18号公布，1999年6月3日农农发〔1999〕7号、2017年4月17日农办农﹝2017﹞8号、2019年10月14日农业农村部公告第222号修订）
14．植物检疫条例实施细则（农业部分）（1995年2月25日农业部令第5号公布，1997年12月25日农业部令第39号、2004年7月1日农业部令第38号、2007年11月8日农业部令第6号修订）
15．肥料登记管理办法（2000年6月23日农业部令第32号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2017年11月30日农业部令2017年第8号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
16．农业植物疫情报告与发布管理办法（2010年1月18日农业部令2010年第4号公布）
17．农药登记管理办法（2017年6月21日农业部令2017年第3号公布，2018年12月6日农业农村部令2018年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
18．农药生产许可管理办法（2017年6月21日农业部令2017年第4号公布，2018年12月6日农业农村部令2018年第2号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
19．农药经营许可管理办法（2017年6月21日农业部令2017年第5号公布，2018年12月6日农业农村部令2018年第2号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
20．农药登记试验管理办法（2017年6月21日农业部令2017年第6号公布，2018年12月6日农业农村部令2018年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
21．农药标签和说明书管理办法（2017年6月21日农业部令2017年第7号公布）
22．农药包装废弃物回收处理管理办法（2020年8月27日农业农村部、生态环境部令第6号公布）
23．农作物病虫害监测与预报管理办法（2021年12月24日农业农村部令2021年第6号公布）
24．兽用麻醉药品的供应、使用、管理办法（1980年11月20日〔80〕农业（牧）字第34号、〔80〕卫药字36号、〔80〕国药供字第545号公布）
25．兽用安钠咖管理规定（1999年3月22日农牧发〔1999〕5号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订）
26．中华人民共和国动物及动物源食品中残留物质监控计划和官方取样程序（1999年5月11日农牧发〔1999〕8号公布）
27．甘草和麻黄草采集管理办法（2001年10月16日农业部令第1号公布）
28．兽药生产质量管理规范（2020年修订）（2020年4月21日农业农村部令2020年第3号公布）
29．兽药标签和说明书管理办法（2002年10月31日农业部令第22号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2007年11月8日农业部令第6号、2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
30．兽药注册办法（2004年11月24日农业部令第44号公布）
31．高致病性动物病原微生物实验室生物安全管理审批办法（2005年5月20日农业部令第52号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号修订）
32．动物病原微生物分类名录（2005年5月24日农业部令第53号公布）
33．新兽药研制管理办法（2005年8月31日农业部令第55号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
34．畜禽标识和养殖档案管理办法（2006年6月26日农业部令第67号公布）
35．兽药进口管理办法（2007年7月31日农业部、海关总署令第2号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
36．生鲜乳生产收购管理办法（2008年11月7日农业部令第15号公布）
37．动物病原微生物菌（毒）种保藏管理办法（2008年11月26日农业部令第16号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
38．兽药经营质量管理规范（2010年1月15日农业部令2010年第3号公布，2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
39．饲料和饲料添加剂生产许可管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第3号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2016年5月30日农业部令2016年第3号、2017年11月30日农业部令2017年第8号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
40．新饲料和新饲料添加剂管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第4号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
41．饲料添加剂产品批准文号管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第5号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
42．兽用处方药和非处方药管理办法（2013年9月11日农业部令2013年第2号公布）
43．饲料质量安全管理规范（2014年1月13日农业部令2014年第1号公布，2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
44．进口饲料和饲料添加剂登记管理办法（2014年1月13日农业部令2014年第2号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号、2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
45．兽药产品批准文号管理办法（2015年12月3日农业部令2015年第4号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
46．无规定动物疫病区评估管理办法（2017年5月27日农业部令2017年第2号公布）
47．兽用生物制品经营管理办法（2021年3月17日农业农村部令2021年第2号公布）
48．病死畜禽和病害畜禽产品无害化处理管理办法（2022年5月11日农业农村部令2022年第3号公布）
49．动物诊疗机构管理办法（2022年9月7日农业农村部令2022年第5号公布）
50．执业兽医和乡村兽医管理办法（2022年9月7日农业农村部令2022年第6号公布）
51．动物检疫管理办法（2022年9月7日农业农村部令2022年第7号公布）
52．动物防疫条件审查办法（2022年9月7日农业农村部令2022年第8号公布）
53．生猪定点屠宰厂（场）设置审查规定（2024年12月13日农业农村部令2024年第2号公布）
54．畜禽养殖场备案管理办法（2025年7月11日农业农村部令2025年第2号公布）
55．渔船作业避让规定（1983年9月20日农牧渔业部〔83〕农（管）字第28号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订）
56．农业部关于确定经济价值较高的渔业资源品种目录的通知（1989年5月30日〔1989〕农（渔政）字第13号公布）
57．农业部关于“中华人民共和国渔业船舶油类记录簿”使用办法的通知（1989年6月27日〔1989〕农（渔政）字第14号公布）
58．农业部关于下发《海洋渔业船舶船员证书》考试发证收费标准的通知（1989年7月20日〔1989〕农（渔政）字第28号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
59．农业部关于禁止在公海使用大型流网作业的通知（1991年）（1991年6月8日〔1991〕农（渔政）字第3号公布）
60．渔港费收规定（1993年10月7日〔1993〕农（渔政）字第15号公布，2011年12月31日农业部令2011年第4号修订）
61．农业部关于实施《清理取缔“三无”船舶通告》有关事项的通知（1994年11月8日〔1994〕农渔发21号公布）
62．水产品批发市场管理办法（1996年11月27日农渔发〔1996〕13号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订）
63．渔业水域污染事故调查处理程序规定（1997年3月26日农业部令第13号公布）
64．渔业行政处罚规定（1998年1月5日农业部令第36号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
65．渔业船舶船名规定（1998年3月2日农渔发〔1998〕1号公布，2007年11月8日农业部令第6号、2010年11月26日农业部令2010年第11号、2013年12月31日农业部令2013年第5号修订）
66．水产原、良种审定办法（1998年3月2日农渔发〔1998〕2号公布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
67．中日渔业协定暂定措施水域管理暂行办法（1999年3月5日农业部令第8号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
68．中华人民共和国水生野生动物利用特许办法（1999年6月24日农业部令第15号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2010年11月26日农业部令2010年第11号、2013年12月31日农业部令2013年第5号、2017年11月30日农业部令2017年第8号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
69．中华人民共和国管辖海域外国人、外国船舶渔业活动管理暂行规定（1999年6月24日农业部令第18号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
70．渔业船舶航行值班准则（试行）（1999年11月8日农渔发〔1999〕10号公布）
71．中华人民共和国渔业行政执法船舶管理办法（2000年6月13日农业部令第33号公布）
72．中华人民共和国渔业港航监督行政处罚规定（2000年6月13日农业部令第34号公布，2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
73．中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域管理办法（2001年2月16日农业部令第47号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
74．水产苗种管理办法（2001年12月10日农业部令第4号公布，2005年1月5日农业部令第46号修订）
75．水产养殖质量安全管理规定（2003年7月24日农业部令第31号公布）
76．渤海生物资源养护规定（2004年2月12日农业部令第34号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2010年11月26日农业部令2010年第11号修订）
77．渔业航标管理办法（2008年4月10日农业部令第13号公布）
78．水生生物增殖放流管理规定（2009年3月24日农业部令第20号公布）
79．水域滩涂养殖发证登记办法（2010年5月24日农业部令2010年第9号公布）
80．水产种质资源保护区管理暂行办法（2011年1月5日农业部令2011年第1号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号修订）
81．中华人民共和国渔业船舶登记办法（2012年10月22日农业部令2012年第8号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
82．渔业船舶水上安全事故报告和调查处理规定（2012年12月25日农业部令2012年第9号公布）
83．中华人民共和国渔业船员管理办法（2014年5月23日农业部令2014年第4号公布，2017年11月30日农业部令2017年第8号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
84．渔业捕捞许可管理规定（2018年12月3日农业农村部令2018年第1号公布，2020年7月8日农业农村部令2020年第5号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
85．水生野生动物及其制品价值评估办法（2019年8月27日农业农村部令2019年第5号公布）
86．远洋渔业管理规定（2020年2月10日农业农村部令2020年第2号公布，2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
87．长江水生生物保护管理规定（2021年12月21日农业农村部令2021年第5号公布）
88．农业农村部门统计工作管理办法（2024年5月13日农业农村部令2024年第1号公布）
89．农业转基因生物安全评价管理办法（2002年1月5日农业部令第8号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2016年7月25日农业部令2016年第7号、2017年11月30日农业部令2017年第8号、2022年1月21日农业农村部令2022年第2号修订）
90．农业转基因生物进口安全管理办法（2002年1月5日农业部令第9号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
91．农业转基因生物标识管理办法（2002年1月5日农业部令第10号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
92．农业野生植物保护办法（2002年9月6日农业部令第21号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2013年12月31日农业部令2013年第5号、2016年5月30日农业部令2016年第3号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
93．农业转基因生物加工审批办法（2006年1月27日农业部令第59号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
94．农产品产地安全管理办法（2006年10月17日农业部令第71号公布）
95．农用地土壤环境管理办法（试行）（2017年9月25日环境保护部、农业部令第46号公布）
96．农用薄膜管理办法（2020年7月3日农业农村部、工业和信息化部、生态环境部、市场监管总局令2020年第4号公布）
97．外来入侵物种管理办法（2022年5月31日农业农村部、自然资源部、生态环境部、海关总署令第4号公布，2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
98．无公害农产品管理办法（2002年4月29日农业部、质检总局令第12号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订）
99．农产品包装和标识管理办法（2006年10月17日农业部令第70号公布）
100．农产品质量安全检测机构考核办法（2007年12月12日农业部令第7号公布，2017年11月30日农业部令2017年第8号修订）
101．农产品地理标志管理办法（2007年12月25日农业部令第11号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
102．绿色食品标志管理办法（2012年7月30日农业部令2012年第6号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
103．农产品质量安全监测管理办法（2012年8月14日农业部令2012年第7号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
104．进出口农作物种子（苗）管理暂行办法（1997年3月28日农业部令第14号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
105．中华人民共和国农业植物新品种保护名录（第一批）（1999年6月16日农业部令第14号公布）
106．中华人民共和国农业植物新品种保护名录（第二批）（2000年3月7日农业部令第27号公布）
107．农业部植物新品种复审委员会审理规定（2001年2月26日农业部令第45号公布）
108．中华人民共和国农业植物新品种保护名录（第三批）（2001年2月26日农业部令第46号公布）
109．中华人民共和国农业植物新品种保护名录（第四批）（2002年1月4日农业部令第3号公布）
110．农业植物新品种权侵权案件处理规定（2002年12月30日农业部令第24号公布）
111．农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法（2003年7月8日农业部令第28号公布）
112．农作物种质资源管理办法（2003年7月8日农业部令第30号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
113．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第五批）（2003年8月5日农业部令第32号公布）
114．农作物种子质量监督抽查管理办法（2005年3月10日农业部令第50号公布）
115．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第六批）（2005年5月20日农业部令第51号公布）
116．草种管理办法（2006年1月12日农业部令第56号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2014年4月25日农业部令2014年第3号、2015年4月29日农业部令2015年第1号修订）
117．食用菌菌种管理办法（2006年3月27日农业部令第62号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2014年4月25日农业部令2014年第3号、2015年4月29日农业部令2015年第1号修订）
118．畜禽遗传资源保种场保护区和基因库管理办法（2006年6月5日农业部令第64号公布）
119．畜禽新品种配套系审定和畜禽遗传资源鉴定办法（2006年6月5日农业部令第65号公布）
120．优良种畜登记规则（2006年6月5日农业部令第66号公布）
121．蚕种管理办法（2006年6月28日农业部令第68号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
122．中华人民共和国植物新品种保护条例实施细则（农业部分）（2007年9月19日农业部令第5号公布，2011年12月31日农业部令2011年第4号、2014年4月25日农业部令2014年第3号修订）
123．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第七批）（2008年4月21日农业部令第14号公布）
124．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第八批）（2010年1月18日农业部令2010年第8号公布）
125．农业植物品种命名规定（2012年3月14日农业部令2012年第2号公布，2022年1月21日农业农村部令2022年第2号修订）
126．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第九批）（2013年4月11日农业部令2013年第1号公布）
127．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第十批）（2016年4月16日农业部令2016年第1号公布）
128．主要农作物品种审定办法（2016年7月8日农业部令2016年第4号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2022年1月21日农业农村部令2022年第2号修订）
129．农作物种子生产经营许可管理办法（2016年7月8日农业部令2016年第5号公布，2017年11月30日农业部令2017年第8号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号、2020年7月8日农业农村部令2020年第5号、2022年1月7日农业农村部令2022年第1号、2022年1月21日农业农村部令2022年第2号、2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
130．农作物种子标签和使用说明管理办法（2016年7月8日农业部令2016年第6号公布）
131．非主要农作物品种登记办法（2017年3月30日农业部令2017年第1号公布，2025年7月15日农业农村部令2025年第3号修订）
132．中华人民共和国农业植物品种保护名录（第十一批）（2019年2月22日农业农村部令2019年第1号公布）
133．农作物种子质量检验机构考核管理办法（2019年8月27日农业农村部令2019年第3号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
134．种畜禽生产经营许可管理办法（2025年3月10日农业农村部令2025年第1号公布）
135．联合收割机跨区作业管理办法（2003年7月4日农业部令第29号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2007年11月8日农业部令第6号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
136．拖拉机驾驶培训管理办法（2004年8月15日农业部令第41号公布，2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
137．农业机械维修管理规定（2006年5月10日农业部、工商总局令第57号公布，2016年5月30日农业部令2016年第3号、2019年4月25日农业农村部令2019年第2号修订）
138．农业机械质量调查办法（2006年8月20日农业部令第69号公布）
139．农业机械事故处理办法（2011年1月12日农业部令2011年第2号公布，2022年1月7日农业农村部令2022年第1号修订）
140．拖拉机和联合收割机驾驶证管理规定（2018年1月15日农业部令2018年第1号公布）
141．拖拉机和联合收割机登记规定（2018年1月15日农业部令2018年第2号公布，2018年12月6日农业农村部令2018年第2号修订）
142．农业机械试验鉴定办法（2018年12月30日农业农村部令2018年第3号公布）
143．耕地质量调查监测与评价办法（2016年6月21日农业部令2016年第2号公布）
144．农田建设项目管理办法（2019年8月27日农业农村部令2019年第4号公布）
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